Genetic ancestry and radical prostatectomy findings in Hispanic/Latino patients.

Background: African ancestry is a known factor associated with the presentation and aggressiveness of prostate cancer (PC). Hispanic/Latino populations exhibit varying degrees of genetic admixture across Latin American countries, leading to diverse levels of African ancestry. However, it remains unclear whether genetic ancestry plays a role in the aggressiveness of PC in Hispanic/Latino patients. We explored the associations between genetic ancestry and the clinicopathological data in Hispanic/Latino PC patients from Colombia. Patients and methods: We estimated the European, Indigenous and African genetic ancestry, of 230 Colombian patients with localized/regionally advanced PC through a validated panel for genotypification of 106 Ancestry Informative Markers. We examined the associations of the genetic ancestry components with the Gleason Grade Groups (GG) and the clinicopathological characteristics. Results: No association was observed between the genetic ancestry with the biochemical recurrence or Gleason GG; however, in a two groups comparison, there were statistically significant differences between GG3 and GG4/GG5 for European ancestry, with a higher mean ancestry proportion in GG4/GG5. A lower risk of being diagnosed at an advanced age was observed for patients with high African ancestry than those with low African ancestry patients (OR: 0.96, CI: 0.92-0.99, p=0.03). Conclusion: Our findings revealed an increased risk of presentation of PC at an earlier age in patients with higher African ancestry compared to patients with lower African ancestry in our Hispanic/Latino patients.

Metabolic pathways enriched according to ERG status are associated with biochemical recurrence in Hispanic/Latino patients with prostate cancer.

BACKGROUND: The role of ERG-status molecular subtyping in prognosis of prostate cancer (PCa) is still under debate. In this study, we identified differentially expressed genes (DEGs) according to ERG-status to explore their enriched pathways and implications in prognosis in Hispanic/Latino PCa patients. METHODS: RNA from 78 Hispanic PCa tissues from radical prostatectomies (RP) were used for RNA-sequencing. ERGhigh /ERGlow tumor groups were determined based on the 1.5-fold change median expression in non-tumor samples. DEGs with a False Discovery Rate (FDR) < 0.01 and a fold change >2 were identified between ERGhigh and ERGlow tumors and submitted to enrichment analysis in MetaCore. Survival and association analyses were performed to evaluate biochemical recurrence (BCR)-free survival. RESULTS: The identification of 150 DEGs between ERGhigh and ERGlow tumors revealed clustering of most of the non-BCR cases (60%) into de ERGhigh group and most of the BCR cases (60.8%) in ERGlow group. Kaplan-Meier survival curves showed a worst BCR-free survival for ERGlow patients, and a significant reduced risk of BCR was observed for ERGhigh cases (OR = 0.29 (95%CI, 0.10-0.8)). Enrichment pathway analysis identified metabolic-related pathways, such as the renin-angiotensin system and angiotensin maturation system, the linoleic acid metabolism, and polyamines metabolism in these ERG groups. CONCLUSIONS: ERGlow tumor cases were associated with poor BCR-free survival in our Hispanic/Latino patients, with metabolism-related pathways altered in the BCR progression. IMPACT: Our findings suggest the need to dissect the role of diet, metabolism, and lifestyle as risk factors for more aggressive PCa subtypes.

Presentación del libro. Academia Nacional de Medicina de Colombia 1873-2023. Medicina, Ciencia y Humanismo / Presentation of the book. National Academy of Medicine of Colombia 1873-2023. Medicine, Science and Humanism

La obra que se presenta hoy es producto de una iniciativa del presidente, doctor Germán Gamarra Hernández, quien convocó, con el aval de la Junta Directiva, a dos coeditores y, por consenso tripartito, a un grupo de 23 académicos para redactarla con ocasión del sesquicentenario de nuestra corporación. Su objetivo era simple: dar a conocer la historia de una sociedad médica, científica y humanista que ha reunido a protagonistas principales de la medicina nacional con más de un siglo y medio de ejecutorias.

El guaco: un agente vegetal utilizado en el Nuevo Reino de Granada contra los síntomas generados por afecciones del sistema músculo-esquelético / Guaco: A plant agent used in the New Kingdom of Granada against symptoms generated by disorders of the musculoskeletal system

RESUMEN Objetivo: Contextualizar una receta médica de comienzos del siglo XIX en el Nuevo Reino de Granada, en la cual se prescribe el guaco para disminuir síntomas generados por afecciones del sistema músculo-esquelético. De igual forma, analizar, en función de los conocimientos actuales, cómo actúa la fórmula sobre mecanismos fisiopatológicos de la enfermedad, explicando la reducción del dolor y las secuelas asociadas. Material y método: Búsqueda documental en el Archivo Histórico Cipriano Rodríguez Santamaría, de la Biblioteca Octavio Arizmendi Posada, de la Universidad de La Sabana. Se analizó el documento denominado Reumatismo. Posteriormente se realizó una revisión de la literatura entre 1999-2018, en las bases de datos ScienceDirect/ClinicalKey/Scielo. Conclusiones: Existe evidencia científica que podría explicar la efectividad del guaco, usado en el Nuevo Reino de Granada por sus propiedades antiinflamatorias y analgésicas aportadas por componentes como la cumarina y los flavonoides. Sin embargo, una descripción vaga en la posología del guaco, signos, síntomas y comorbilidades que no se mencionan en la receta, dificulta analizar la eficacia del tratamiento y cómo lograba disminuir o controlar específicamente los síntomas dados por afecciones del sistema musculoesquelético con su aplicación. Esta tradición, en consecuencia, carece de sustento propiamente científico para el tratamiento médico de enfermedades osteomusculares.

ABSTRACT Objective: To contextualize a medical prescription of the early 19th century in the New Kingdom of Granada, in which guaco was prescribed to reduce symptoms caused by musculoskeletal system disorders, which were ill-defined at the time. Similarly, based on current knowledge, to analyse the manner in which the formula acts on pathophysiological mechanisms of rheumatic diseases, in order to explain the reduction of pain, and associated sequelae. Material and method: Documentary research into the Cipriano Rodríguez Santamaría Historical Archive of the Octavio Arizmendi Library of the University of La Sabana, in Chía, Colombia. The document analysed was called Rheumatism. Subsequently, a review of the literature was carried out in Science Direct / Clinical Key / Scielo databases in the period from 1999 to 2018. Conclusions: There is scientific evidence that supports the efficiency of guaco used in the Kingdom of New Granada due its anti-inflammatory and analgesic properties. However, a vague description of the dosage of the guaco, signs, symptoms, and comorbidities, which are not mentioned in the prescription, hinders the understanding of its application and the thorough effectiveness of the treatment in order to control the symptoms of musculoskeletal system conditions. This tradition, consequently, lacks proper scientific support for the medical treatment of musculoskeletal disorders.

Surgery through time. Saturn extract: an 18th century medical prescription.

OBJECTIVE: To analyze a medical prescription from the 18th century in the New Kingdom of Granada, nowadays Colombia, used in the treatment of soft tissue injuries, specifically wounds and skin ulcers. METHOD: A documentary search was conducted in the Cipriano Rodríguez Santamaria Historical Archive of the Octavio Arizmendi Posada Library, at Universidad de La Sabana (Chía, Colombia), and a review of the literature available in electronic databases. RESULTS AND CONCLUSION: The colonial medical prescription mentions the benefits of lead acetate in poultice for inflammatory processes in general and skin alterations. However, its use is not recommended due to its potential cytotoxic effect at tissue level in various organs.

OBJETIVO: Analizar una receta médica del siglo XVIII en el Nuevo Reino de Granada, hoy República de Colombia, utilizada para el tratamiento de las lesiones de tejidos blandos, específicamente heridas y úlceras en la piel. MÉTODO: Se realizó una búsqueda documental en el Archivo Histórico Cipriano Rodríguez Santamaría de la Biblioteca Octavio Arizmendi Posada, en la Universidad de La Sabana (Chía, Colombia), y se hizo una revisión de la literatura disponible en bases de datos electrónicas. RESULTADOS Y CONCLUSIÓN: En la receta médica colonial se mencionan los beneficios del uso de lo que se interpreta como acetato de plomo en cataplasma para procesos inflamatorios en general y alteraciones de la piel. Sin embargo, en la actualidad se conoce su potencial efecto citotóxico tisular en diversos órganos.

Prescription to reduce heart palpitations, a mid-18th century prescription in the New Kingdom of Granada.

The human being, throughout history, has used plants to prevent and cure diseases. It is important to know that for a long time, the mechanism through which those plants worked was unknown, making herbal medicine a purely empirical science. Medical prescriptions in the 19th century in the Kingdom of Nueva Granada were considered a significant medical advance as a result of knowledge and medical practices in the old continent. Medical literature of the time achieved, despite the lack of studies, the development of new schemes with exact dosages and new therapeutic possibilities. The medical prescription presented in this article was used in the management of heart palpitations, a frequent symptom nowadays, described as thoracic and/or neck beating, underlying various cardiac and non-cardiac diseases. The recipe for the palpitations of the historical archive "Cipriano Rodríguez Santa María" is a mixture of herbal agents that, as reviewed in the medical literature, showed to have anti-inflammatory, anxiolytic, and antioxidant effects, among others, allowing a beneficial effect on cardiac palpitations. Due to the lack of information on the posology, safety in its use, contraindications, and possible adverse effects, its potential use should have been underestimated at that time for the control of palpitations or as phytochemical agents directed to treat diseases causing this symptom.

A lo largo de la historia, el ser humano ha utilizado plantas para prevenir, aliviar y curar enfermedades. Cabe destacar que durante mucho tiempo se desconoció el mecanismo por el cual su uso era beneficioso, lo que hacía de la fitoterapia una ciencia netamente empírica. Las recetas médicas eran consideradas un avance médico significativo, resultado de conocimientos y prácticas traídas desde el viejo continente. Pese a la carencia de estudios locales, la literatura médica de la época permitió utilizar la biodiversidad de América para el desarrollo, investigación y uso de nuevos esquemas fitoterapéuticos con dosificaciones establecidas e indicaciones de uso, incluso un lugar específico de dispensación, ampliando aún más las posibilidades terapéuticas. La receta médica que se expone en este artículo era empleada en el manejo de las palpitaciones cardiacas, síntoma frecuente aún en la actualidad, descrito como golpes en tórax y/o cuello, subyacente en diversas enfermedades cardiacas y no cardiacas. La receta para las palpitaciones del archivo histórico Cipriano Rodríguez Santa María es una mezcla de agentes herbarios que, al realizar una revisión en la literatura médica, evidencian efectos antiinflamatorios, ansiolíticos y antioxidantes entre otros, sustentando un posible efecto beneficioso en las palpitaciones cardiacas. Debido a la ausencia de información sobre la posología, seguridad en su uso, contraindicaciones y posibles efectos adversos, es subestimado su potencial uso en aquel entonces para el control de las palpitaciones o como unos agentes fitoquímicos dirigidos para tratar enfermedades causantes de dicho síntoma.

Prescription to reduce heart palpitations, a mid-18th century prescription in the New Kingdom of Granada / Formulación para reducir las palpitaciones cardiacas, una receta médica de mediados del siglo xviii en el Nuevo Reino de Granada

Abstract The human being, throughout history, has used plants to prevent and cure diseases. It is important to know that for a long time, the mechanism through which those plants worked was unknown, making herbal medicine a purely empirical science. Medical prescriptions in the 19th century in the Kingdom of Nueva Granada were considered a significant medical advance as a result of knowledge and medical practices in the old continent. Medical literature of the time achieved, despite the lack of studies, the development of new schemes with exact dosages and new therapeutic possibilities. The medical prescription presented in this article was used in the management of heart palpitations, a frequent symptom nowadays, described as thoracic and/or neck beating, underlying various cardiac and non-cardiac diseases. The recipe for the palpitations of the historical archive "Cipriano Rodríguez Santa María" is a mixture of herbal agents that, as reviewed in the medical literature, showed to have anti-inflammatory, anxiolytic, and antioxidant effects, among others, allowing a beneficial effect on cardiac palpitations. Due to the lack of information on the posology, safety in its use, contraindications, and possible adverse effects, its potential use should have been underestimated at that time for the control of palpitations or as phytochemical agents directed to treat diseases causing this symptom.

Resumen A lo largo de la historia, el ser humano ha utilizado plantas para prevenir, aliviar y curar enfermedades. Cabe destacar que durante mucho tiempo se desconoció el mecanismo por el cual su uso era beneficioso, lo que hacía de la fitoterapia una ciencia netamente empírica. Las recetas médicas eran consideradas un avance médico significativo, resultado de conocimientos y prácticas traídas desde el viejo continente. Pese a la carencia de estudios locales, la literatura médica de la época permitió utilizar la biodiversidad de América para el desarrollo, investigación y uso de nuevos esquemas fitoterapéuticos con dosificaciones establecidas e indicaciones de uso, incluso un lugar específico de dispensación, ampliando aún más las posibilidades terapéuticas. La receta médica que se expone en este artículo era empleada en el manejo de las palpitaciones cardiacas, síntoma frecuente aún en la actualidad, descrito como golpes en tórax y/o cuello, subyacente en diversas enfermedades cardiacas y no cardiacas. La receta para las palpitaciones del archivo histórico Cipriano Rodríguez Santa María es una mezcla de agentes herbarios que, al realizar una revisión en la literatura médica, evidencian efectos antiinflamatorios, ansiolíticos y antioxidantes entre otros, sustentando un posible efecto beneficioso en las palpitaciones cardiacas. Debido a la ausencia de información sobre la posología, seguridad en su uso, contraindicaciones y posibles efectos adversos, es subestimado su potencial uso en aquel entonces para el control de las palpitaciones o como unos agentes fitoquímicos dirigidos para tratar enfermedades causantes de dicho síntoma.

Prescription to reduce heart palpitations, a mid-18th century prescription in the New Kingdom of Granada.

The human being, throughout history, has used plants to prevent and cure diseases. It is important to know that for a long time, the mechanism through which those plants worked was unknown, making herbal medicine a purely empirical science. Medical prescriptions in the 19th century in the Kingdom of Nueva Granada were considered a significant medical advance, as a result of knowledge and medical practices in the old continent. Medical literature of the time achieved, despite the lack of studies, the development of new schemes with exact dosages and new therapeutic possibilities. The medical prescription presented in this article was used in the management of heart palpitations, a frequent symptom nowadays, described as thoracic and/or neck beating, underlying various cardiac and non-cardiac diseases. The recipe for the palpitations of the historical archive "Cipriano Rodríguez Santa María" is a mixture of herbal agents that, as reviewed in the medical literature, showed to have anti-inflammatory, anxiolytic, and antioxidant effects, among others, allowing a beneficial effect on cardiac palpitations. Due to the lack of information on the posology, safety in its use, contraindications and possible adverse effects, its potential use should have been underestimated at that time for the control of palpitations or as phytochemical agents directed to treat diseases causing this symptom.

A lo largo de la historia, el ser humano ha utilizado plantas para prevenir, aliviar y curar enfermedades. Cabe destacar que durante mucho tiempo se desconoció el mecanismo por el cual su uso era beneficioso, lo que hacía de la fitoterapia una ciencia netamente empírica. Las recetas médicas eran consideradas un avance médico significativo, resultado de conocimientos y prácticas traídas desde el viejo continente. Pese a la carencia de estudios locales, la literatura médica de la época permitió utilizar la biodiversidad de América para el desarrollo, investigación y uso de nuevos esquemas fitoterapéuticos con dosificaciones establecidas e indicaciones de uso, incluso un lugar específico de dispensación, ampliando aún más las posibilidades terapéuticas. La receta médica que se expone en este artículo era empleada en el manejo de las palpitaciones cardiacas, síntoma frecuente aún en la actualidad, descrito como golpes en tórax y/o cuello, subyacente en diversas enfermedades cardiacas y no cardiacas. La receta para las palpitaciones del archivo histórico Cipriano Rodríguez Santa María es una mezcla de agentes herbarios que, al realizar una revisión en la literatura médica, evidencian efectos antiinflamatorios, ansiolíticos y antioxidantes entre otros, sustentando un posible efecto beneficioso en las palpitaciones cardiacas. Debido a la ausencia de información sobre la posología, seguridad en su uso, contraindicaciones y posibles efectos adversos, es subestimado su potencial uso en aquel entonces para el control de las palpitaciones o como unos agentes fitoquímicos dirigidos para tratar enfermedades causantes de dicho síntoma.

CGH analysis in Colombian patients: findings of 1374 arrays in a seven-year study.

BACKGROUND: Array-based comparative genome hybridization (array CGH) is a first-line test used in the genetic evaluation of individuals with multiple anomalies, developmental delays, and cognitive deficits. In this study, we analyzed clinical indications and findings of array CGH tests of Colombian individuals forwarded to a reference laboratory over a period of seven years in order to evaluate the diagnostic performance of the test in our population. RESULTS: The results of 1374 array CGH analyses of Colombian individuals were referred to the Andean Reference Institute in Colombia (Instituto de Referencia Andino) during a 7-year period (2009-2015). Chromosomal imbalances were detected in 488 cases (35%), whereas 121 cases were classified as nonpathogenic variants, 65 cases (4.7%) were classified as variants of uncertain significance, and 302 cases (22%) were classified as abnormal or pathogenic. The most common findings in the abnormal and/or pathogenic set were deletions, followed by duplications and complex rearrangements. Variants in the carrier status of autosomal recessive diseases were identified as incidental findings in 29 subjects (2%). CONCLUSIONS: Clinical indications preceding the referral of aCGH in Colombian patients are not standardized and result in unexpected pathogenic variants as well as secondary findings that need careful interpretation. Development of local infrastructure will probably improve the communication between all stakeholders, to ensure accurate clinical diagnoses.

Frequency of 14 genetic variants associated with breast cancer risk and treatment in a Colombian population / Frecuencia de 14 variantes genéticas asociadas con el riesgo y el tratamiento del cáncer de mama en una población colombiana

SUMMARY Introduction: Genetic variations have been related to risk and treatment efficacy. Many polymorphisms in breast cancer are known to influence susceptibility, breast cancer risk and treatment outcome. Polymorphisms vary among populations; therefore, local studies are necessary. Objective: To establish the frequency of polymorphisms associated to breast cancer risk and treatment pharmacogenomics in a group of Colombian individuals. Methods: Data from microarray profiles including gene polymorphisms associated with breast cancer treatment were retrospectively collected (Pathway Genomics®). The frequency of marker CYP2D6 rs3892097 and a breast cancer panel (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, ESR1 rs2046210, FGFR2 rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, AKAP9 rs6964587, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 delT, ESR1 rs3020314) were studied. Results: Microarray data from 68 men and 92 women were analyzed. All polymorphisms were in Hardy-Weinberg equilibrium. Genotypic frequencies of CYP2D6 rs3892097 C/T, CAS8 rs1045485 G/C, and those of genes included in a breast cancer panel (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, FGFR2rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 del T, ESR1rs3020314) did not significantly differ from previously published data. ESR1 rs2046210, with allele frequencies of C=0.04 and T=0.02, and AKAP9 rs6964587, with a frequency of A=0.005, were determined as rare. Conclusions: The population studied was not significantly different in allele distribution from previously reported data at HapMap. Genotypes in Colombian population are similar to other previously studied groups of healthy subjects. Extended use of genotyping pharmacogenetic polymorphisms will prevent toxicity and adverse effects in tamoxifen treatment (for example in CYP2D6 rs3892097). Therefore, therapeutic alternatives should be evaluated based on individual pharmacogenetic studies.

RESUMEN Introducción: las variaciones genéticas se han relacionado con el riesgo y la eicacia del tratamiento. Es sabido que muchos polimorfismos en cáncer de mama influyen en la susceptibilidad, el riesgo de cáncer y el resultado del tratamiento. Los polimorfismos varían entre las poblaciones, y por tanto, es necesario realizar estudios locales. Objetivo: establecer la frecuencia de polimorismos asociados al riesgo de cáncer de mama y la farmacogenómica del tratamiento en un grupo de individuos colombianos. Métodos: los datos de los perfiles de microarreglos, incluidos los polimorismos genéticos asociados con el tratamiento del cáncer de mama, se obtuvieron de forma retrospectiva (Pathway Genomics®). Se estudiaron la frecuencia del marcador CYP2D6 rs3892097 y un panel de cáncer de mama (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, ESR1 rs2046210,FGFR2 rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, AKAP9 rs6964587, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 delT, ESR1 rs3020314). Resultados: se analizaron los datos de microarreglos de 68 hombres y 92 mujeres. Todos los polimorfismos siguieron el equilibrio Hardy-Weinberg. Las frecuencias fenotípicas de CYP2D6 rs3892097 C/T, CAS8 rs1045485 G/C, y aquellas de los genes incluidos en un panel de cáncer de mama (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, FGFR2rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 del T, ESR1rs3020314) no difirieron significativamente de los datos publicados previamente. ESR1 rs2046210, con frecuencias alélicas de C = 0,04 y T = 0,02, y AKAP9 rs6964587, con una frecuencia de A = 0,005, se determinaron como raras.

Opilation and menstrual suppression: an 18 th century medical prescription in the new kingdom of granada / Opilación y supresión de menstruos: una receta médica del siglo XVIII en el nuevo reino de granada

ABSTRACT Objective: To present and define the context of a medical prescription dating from the eighteenth century in the New Kingdom of Granada, used for the suppression of menstruation, and to analyze it in the light of current knowledge as to whether its ingredients as a whole, may or may not achieve inhibition of menstrual bleeding. Materials and methods: Documentary search in the Historical Archives of the Octavio Arizmendi Posada Library at Universidad de La Sabana where the prescription "Opilation and menstrual suppression" was found. A review of the literature available in SciELO/proQuest databases was subsequently conducted for the period 1993-2015. Conclusions: The manuscript found describes multiple ingredients that, as a whole, and analyzed in light of current knowledge, are not valid to achieve the alleged suppressive effect. However, the components of the "liquid vitriol of Mars" could be recognized as having antianemic properties, and the potential suppressive effect of prescribing vigorous exercise in the middle of the menstrual cycle, although the recipe does not accurately describe the frequency or intensity of exercising to achieve the desired effect.

RESUMEN Objetivo: Presentar y definir el contexto de una receta médica que data del siglo XVIII en el Nuevo Reino de Granada, utilizada para la supresión de la menstruación, y analizar, a la luz de los conocimientos actuales, si sus ingredientes en conjunto podrían o no lograr la inhibición del sangrado menstrual. Materiales y métodos: Búsqueda documental en el Archivo Histórico de la Biblioteca Octavio Arizmendi Posada en la Universidad de La Sabana, donde se identifica la receta "Opilación y supresión de menstruos", y, posteriormente, se realizó una revisión de la literatura disponible en las bases de datos SciELO/proQuest en el periodo 1993-2015. Conclusiones: En la receta manuscrita hallada se describen múltiples ingredientes que, analizados a la luz de los conocimientos actuales, y en su conjunto, no tienen validez para lograr el pretendido efecto supresor. Sin embargo, se reconocen las propiedades antianémicas del "vitriolo líquido de Marte", y el posible efecto que ejercería el ejercicio excesivo formulado en medio del ciclo menstrual, aunque en la receta no se describe con exactitud la frecuencia ni la intensidad con la que este debería ser realizado para lograr una supresión del menstruo.

De virus y hombres: reflexión sobre una historia de la fiebre amarilla en Colombia / Of viruses and men: considerations on a history of yellow fever in Colombia

Los microbios han sido motores principales de la historia de la medicina en calidad de factores evoluti-vos naturales y sociales. Uno de estos microbios, el virus de la fiebre amarilla, endémico en Colombia, ha sido protagonista indiscutible de varios hitos históricos en la construcción de la nación. Como lo muestra bien la reciente obra de Emilio Quevedo y colaboradores titulada De los litorales a las selvas. La construcción social del concepto de fiebre amarilla selvática, 1881-1938, este virus tiene al menos dos identi-dades: una en los puertos marítimos y otra en el interior de selvas y bosques de los valles interandinos. No es un mismo virus, y la fiebre amarilla no es una sola enfermedad. Con este y otros trabajos publi-cados y en preparación, se podrán aportar nuevas piezas al rompecabezas de la interacción del hombre con los microbios, y a sus efectos en la sociedad

Microbeshavebeenmajordriversinthehistoryofmedicineasnaturalandsocialevolution-aryfactors.Oneofthesemicrobes,theyellowfevervirus,endemicinColombia,hasbeentheundisputedprotagonistofseveralhistoricalmilestonesintheconstructionofthenation.AsshownbytherecentworkofEmilioQuevedoandcollaboratorsentitledFrom the coasts to the jungles.The social construction of the jungle yellow fever concept, 1881-1938,thisvirushasatleasttwoidentities:oneinthemaritimeportsandanotherintheinteriorofjunglesandforestsoftheinter-Andeanvalleys.Itisnotthesamevirus,andyellowfeverisnotasingledisease.Withthisandfurtherworksalreadypublishedandinpreparation,newpiecescanbeaddedtothepuzzleofman'sinteractionwithmicrobes,anditscorrespondingeffectonsociety

Mutational spectrum in breast cancer associated BRCA1 and BRCA2 genes in Colombia.

INTRODUCTION: The risk of developing breast and ovarian cancer is higher in families that carry mutations in BRCA1 or BRCA2 genes, and timely mutation detection is critical. OBJECTIVE: To identify the presence of mutations in the Colombian population and evaluate two testing strategies. METHODS: From a total universe of 853 individual blood samples referred for BRCA1 and BRCA2 typing, 256 cases were analyzed by complete direct sequencing of both genes in Myriad Genetics, and the remaining 597 cases were studied by partial sequencing based on founder mutations in a PCR test designed by ourselves ("Profile Colombia"). RESULTS: We found 107 patients carrying deleterious mutations in this group of patients, 69 (64.5%) located in BRCA1, and 38 (35.5%) in BRCA2. Overall, we detected 39 previously unreported mutations in Colombia (22 in BRCA1 and 17 in BRCA2) and only 4 out of the 6 previously reported founder mutations. Sixty four out of 597 patients (10.7%) studied by "Profile Colombia" showed mutations in BRCA1 or BRCA2, and 41/256 patients (16%) showed mutations by complete BRCA1-BRCA2 sequencing. CONCLUSIONS: The spectrum of 44 different mutations in Colombia as detected in our study is broader than the one previously reported for this country. "Profile Colombia" is a useful screening test to establish both founder and new mutations (detection rate of 10.7%) in cases with family history of breast cancer. Complete sequencing shows a detection rate of 16.0%, and should complement the study of the genetic basis of this disease.

INTRODUCCIÓN: El riesgo de desarrollar cáncer de mama y cáncer de ovario puede transmitirse en familias que porten mutaciones en los genes BRCA1 o BRCA2. La detección de estas mutaciones permite tomar decisiones oportunas en el ámbito de la medicina preventiva. OBJETIVO: Estudiar el espectro de mutaciones en la población colombiana y evaluar dos estrategias de detección. METODOS: Se incluyeron en total 853 pacientes con diagnóstico de cáncer de mama y con solicitud de análisis de los genes BRCA1 y BRCA2. Un total de 256 pruebas se analizaron mediante secuencia directa completa de estos genes en Myriad Genetics, y las restantes 597 se estudiaron mediante secuencia parcial basada en mutaciones fundadoras a través de la prueba "Perfil Colombia", implementada por nosotros. RESULTADOS: Se detectaron 107 pacientes portadores de mutaciones en pacientes colombianos, 69 de las cuales estaban localizadas en BRCA1 y 38 en BRCA2. De estas 39 mutaciones son nuevas (22 en BRCA1 y 17 en BRCA2) y solo se hallaron 4 de las 6 mutaciones reportadas previamente como fundadoras en Colombia. En 64/597 pacientes analizados mediante el "Perfil Colombia" se detectaron mutaciones en BRCA1 o BRCA2, así como en 41/256 pacientes que solicitaron la secuenciación completa de los genes BRCA1 y BRCA2. CONCLUSIONES: El espectro de mutaciones fundadoras en Colombia es más amplio que el reportado anteriormente para este país. El "Perfil Colombia" es una prueba que revela a la vez mutaciones fundadoras y mutaciones nuevas, con una tasa de detección del 10.7%. La secuenciación completa presenta una tasa de detección del 16.0% y puede complementar el diagnóstico de la base genética de esta enfermedad.

Mutational spectrum in breast cancer associated BRCA1 and BRCA2 genes in Colombia / Espectro de mutaciones en los genes BRCA1 y BRCA2 asociados a cáncer de mama en Colombia

Abstract Introduction: The risk of developing breast and ovarian cancer is higher in families that carry mutations in BRCA1 or BRCA2 genes, and timely mutation detection is critical. Objective: To identify the presence of mutations in the Colombian population and evaluate two testing strategies. Methods: From a total universe of 853 individual blood samples referred for BRCA1 and BRCA2 typing, 256 cases were analyzed by complete direct sequencing of both genes in Myriad Genetics, and the remaining 597 cases were studied by partial sequencing based on founder mutations in a PCR test designed by ourselves ("Profile Colombia"). Results: We found 107 patients carrying deleterious mutations in this group of patients, 69 (64.5%) located in BRCA1, and 38 (35.5%) in BRCA2. Overall, we detected 39 previously unreported mutations in Colombia (22 in BRCA1 and 17 in BRCA2) and only 4 out of the 6 previously reported founder mutations. Sixty four out of 597 patients (10.7%) studied by "Profile Colombia" showed mutations in BRCA1 or BRCA2, and 41/256 patients (16%) showed mutations by complete BRCA1-BRCA2 sequencing. Conclusions: The spectrum of 44 different mutations in Colombia as detected in our study is broader than the one previously reported for this country. "Profile Colombia" is a useful screening test to establish both founder and new mutations (detection rate of 10.7%) in cases with family history of breast cancer. Complete sequencing shows a detection rate of 16.0%, and should complement the study of the genetic basis of this disease.

Resumen Introducción: El riesgo de desarrollar cáncer de mama y cáncer de ovario puede transmitirse en familias que porten mutaciones en los genes BRCA1 o BRCA2. La detección de estas mutaciones permite tomar decisiones oportunas en el ámbito de la medicina preventiva. Objetivo: Estudiar el espectro de mutaciones en la población colombiana y evaluar dos estrategias de detección. Metodos: Se incluyeron en total 853 pacientes con diagnóstico de cáncer de mama y con solicitud de análisis de los genes BRCA1 y BRCA2. Un total de 256 pruebas se analizaron mediante secuencia directa completa de estos genes en Myriad Genetics, y las restantes 597 se estudiaron mediante secuencia parcial basada en mutaciones fundadoras a través de la prueba "Perfil Colombia", implementada por nosotros. Resultados: Se detectaron 107 pacientes portadores de mutaciones en pacientes colombianos, 69 de las cuales estaban localizadas en BRCA1 y 38 en BRCA2. De estas 39 mutaciones son nuevas (22 en BRCA1 y 17 en BRCA2) y solo se hallaron 4 de las 6 mutaciones reportadas previamente como fundadoras en Colombia. En 64/597 pacientes analizados mediante el "Perfil Colombia" se detectaron mutaciones en BRCA1 o BRCA2, así como en 41/256 pacientes que solicitaron la secuenciación completa de los genes BRCA1 y BRCA2. Conclusiones: El espectro de mutaciones fundadoras en Colombia es más amplio que el reportado anteriormente para este país. El "Perfil Colombia" es una prueba que revela a la vez mutaciones fundadoras y mutaciones nuevas, con una tasa de detección del 10.7%. La secuenciación completa presenta una tasa de detección del 16.0% y puede complementar el diagnóstico de la base genética de esta enfermedad.

[Hemoglobin variants in Colombian patients referred to discard hemoglobinopathies]. / Variantes de hemoglobina en una población con impresión diagnóstica positiva para hemoglobinopatías en Colombia.

BACKGROUND: Oxygen transport is altered in hemoglobinopathies. AIM: To study the distribution of hemoglobinopathies in Andean subjects without African ancestry. MATERIAL AND METHODS: We analyzed blood samples of 1,407 subjects aged 18 to 59 years (58% females), living in the central Andean region of Colombia, referred to discard hemoglobinopathies. The frequency and type of hemoglobinopathy was established by capillary and agarose gel electrophoresis. RESULTS: The frequency of hemoglobinopathies was 34.5% and higher among females. The structural variants found were: AS-heterozygous hemoglobin (8.1%), homozygous SS (3.7%), heterozygous SC (2.2%), AC heterozygotes (0.5%) and heterozygous AE (0.3%). Quantitative variants found were Hb A-Beta thalassemia (13.91%) and Hb H (0.06%), Beta-thalassemia heterozygotes C (0.88%), S-Beta thalassemia heterozygotes (6.07%) and compound heterozygous SC/Beta thalassemia (0.25%), with a persistence of fetal hemoglobin 0. Composite thalassemia was also found in 31%. All techniques showed good correlation and capillary electrophoresis demonstrated a greater detection of hemoglobin variants. CONCLUSIONS: The frequency of hemoglobin variants in the analyzed population was high, which is an important public health indicator. The most common hemoglobin variant was HbA/Increased structural Hb A2 and the mos frequent structural hemoglobinopathy was sickle cell trait. Capillary electrophoresis can discern any Hb variants present in the population.

Variantes de hemoglobina en una población con impresión diagnóstica positiva para hemoglobinopatías en Colombia / Hemoglobin variants in Colombian patients referred to discard hemoglobinopathies

Background: Oxygen transport is altered in hemoglobinopathies. Aim: To study the distribution of hemoglobinopathies in Andean subjects without African ancestry. Material and Methods: We analyzed blood samples of 1,407 subjects aged 18 to 59 years (58% females), living in the central Andean region of Colombia, referred to discard hemoglobinopathies. The frequency and type of hemoglobinopathy was established by capillary and agarose gel electrophoresis. Results: The frequency of hemoglobinopathies was 34.5% and higher among females. The structural variants found were: AS-heterozygous hemoglobin (8.1%), homozygous SS (3.7%), heterozygous SC (2.2%), AC heterozygotes (0.5%) and heterozygous AE (0.3%). Quantitative variants found were Hb A-Beta thalassemia (13.91%) and Hb H (0.06%), Beta-thalassemia heterozygotes C (0.88%), S-Beta thalassemia heterozygotes (6.07%) and compound heterozygous SC/Beta thalassemia (0.25%), with a persistence of fetal hemoglobin 0. Composite thalassemia was also found in 31%. All techniques showed good correlation and capillary electrophoresis demonstrated a greater detection of hemoglobin variants. Conclusions: The frequency of hemoglobin variants in the analyzed population was high, which is an important public health indicator. The most common hemoglobin variant was HbA/Increased structural Hb A2 and the mos frequent structural hemoglobinopathy was sickle cell trait. Capillary electrophoresis can discern any Hb variants present in the population.

C677T (RS1801133 ) MTHFR gene polymorphism frequency in a colombian population.

INTRODUCTION: Abnormal levels of the enzyme methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) are associated with an increased risk of both cardiovascular and cerebrovascular disease and higher concentrations of homocysteine. Abnormal levels are also related to birth defects, pregnancy complications, cancer and toxicity to methotrexate (MTX). Polymorphisms of MTHFR affect the activity of the enzyme. Genetic associations have been related to treatment efficacy. OBJECTIVE: To establish the frequency of the C> T polymorphism at nucleotide 677 of the MTHFR gene in a group of Colombian individuals. METHODS: Data from pharmacogenetic microarrays that include MTX sensibility-associated polymorphisms were retrospectively collected (Pathway Genomics(®)). The frequency of the C> T MTHFR rs1801133 marker polymorphism was analyzed. RESULTS: Microarray data from 68 men and 84 women were analyzed. Comparisons of genotype C/C vs. C/T and T/T were statistically significantly different (p= 0.00, p= 0.026, respectively), as were C/T and T / T (p= 0.0001). CONCLUSIONS: Results for the C/C and C/T genotypes in a Colombian population are similar to other previously studied groups of healthy subjects. Subjects from our population might be at risk of developing diseases associated with MTHFR polymorphisms and might present toxicity and adverse effects if treated with MTX, which suggests the need to evaluate therapeutic alternatives based on individual pharmacogenetic studies.

INTRODUCCIÓN: Las alteraciones de la enzima metilen-tetrahidrofolato reductasa (MTHFR) se asocian con riesgo cardiovascular y cerebrovascular y con presencia de concentraciones altas de homocisteína. Se relacionan también con defectos congénitos, complicaciones en embarazo, cáncer y toxicidad del Metotrexato (MTX). Los polimorfismos del gen MTHFR afectan la actividad de la enzima. Se han descrito asociaciones genéticas con la eficacia del tratamiento con MTX. OBJETIVO: Establecer la frecuencia del polimorfismo C>T en el nucleótido 677 del gen MTHFR en un grupo de individuos Colombianos. MÉTODOS: Estudio descriptivo de corte transversal. Se recolectaron retrospectivamente resultados de microarreglos farmacogenéticos que incluyen polimorfismos asociados con la sensibilidad al MTX (PathwayGenomics(r)). Se analizó la frecuencia del polimorfismo C>T del polimorfismo rs1801133 del gen MTHFR. RESULTADOS: Se analizaron microarreglos de 68 hombres y 84 mujeres. Las comparaciones del genotipo C/C frente a C/T y a T/T fueron estadísticamente significativas (p= 0.001 y p= 0.026 respectivamente) tanto como la comparación entre C/T y T/T (p= 0.0001). CONCLUSIONES: Los genotipos C/C y C/T en Colombia son tan variables como en otros grupos sanos en otras poblaciones. Los sujetos de nuestra población podrían tener riesgo para el desarrollo de enfermedades asociadas al polimorfismo del genMTHFR y con genotipos de riesgo de presentar toxicidad y efectos adversos del MTX, lo cual sugiere la necesidad de evaluar alternativas terapéuticas con estudios farmacogenéticos.

C677t (rs1801133) MTFHR gene polymorphism frequency in a colombian population / Frecuencia del polimorfismo c677t (rs1801133) del gen MTFHR en individuos colombianos

Introduction: Abnormal levels of the enzyme methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) are associated with an increased risk of both cardiovascular and cerebrovascular disease and higher concentrations of homocysteine. Abnormal levels are also related to birth defects, pregnancy complications, cancer and toxicity to methotrexate (MTX). Polymorphisms of MTHFR affect the activity of the enzyme. Genetic associations have been related to treatment efficacy. Objective: To establish the frequency of the C>T polymorphism at nucleotide 677 of the MTHFR gene in a group of Colombian individuals. Methods: Data from pharmacogenetic microarrays that include MTX sensibility-associated polymorphisms were retrospectively collected (Pathway Genomics©). The frequency of the C>T MTHFR rs1801133 marker polymorphism was analyzed. Results: Microarray data from 68 men and 84 women were analyzed. Comparisons of genotype C/C vs. C/T and T/T were statistically significantly different (p= 0.00, p= 0.026, respectively), as were C/T and T/T (p= 0.0001). Conclusions: Results for the C/C and C/T genotypes in a Colombian population are similar to other previously studied groups of healthy subjects. Subjects from our population might be at risk of developing diseases associated with MTHFR polymorphisms and might present toxicity and adverse effects if treated with MTX, which suggests the need to evaluate therapeutic alternatives based on individual pharmacogenetic studies.

Introducción: Las alteraciones de la enzima metilen-tetrahidrofolato reductasa (MTHFR) se asocian con riesgo cardiovascular y cerebrovascular y con presencia de concentraciones altas de homocisteína. Se relacionan también con defectos congénitos, complicaciones en embarazo, cáncer y toxicidad del Metotrexato (MTX). Los polimorfismos del gen MTHFR afectan la actividad de la enzima. Se han descrito asociaciones genéticas con la eficacia del tratamiento con MTX. Objetivo: Establecer la frecuencia del polimorfismo C>T en el nucleótido 677 del gen MTHFR en un grupo de individuos Colombianos. Métodos: Estudio descriptivo de corte transversal. Se recolectaron retrospectivamente resultados de microarreglos farmacogenéticos que incluyen polimorfismos asociados con la sensibilidad al MTX (PathwayGenomics©). Se analizó la frecuencia del polimorfismo C>T del polimorfismo rs1801133 del gen MTHFR. Resultados: Se analizaron microarreglos de 68 hombres y 84 mujeres. Las comparaciones del genotipo C/C frente a C/T y a T/T fueron estadísticamente significativas (p= 0.001 y p= 0.026 respectivamente) tanto como la comparación entre C/T y T/T (p= 0.0001). Conclusiones: Los genotipos C/C y C/T en Colombia son tan variables como en otros grupos sanos en otras poblaciones. Los sujetos de nuestra población podrían tener riesgo para el desarrollo de enfermedades asociadas al polimorfismo del gen MTHFR y con genotipos de riesgo de presentar toxicidad y efectos adversos del MTX, lo cual sugiere la necesidad de evaluar alternativas terapéuticas con estudios farmacogenéticos.

Análisis genético del polimorfismo del virus de la inmunodeficiencia humana en pacientes colombianos / Mutational analysis of HIV in Colombian patients

Objetivo. La resistencia a los medicamentos antirretrovirales se ha asociado con mutaciones características en los genes que codifican las enzimas que son el blanco de la terapia antirretroviral. En el presente trabajo se busca evaluar, desde el punto devista cualitativo y cuantitativo, las diferentes mutaciones reveladas por la tipificación molecular de virus procedentes de diferentes pacientes remitidos al Instituto de Referencia Andino, en Bogotá, para la genotipificación con fines terapéuticos.Diseño: Se hizo la tipificación de un total de 1.064 mutaciones diferentes en virusprocedentes de 16 pacientes no relacionados entre sí, con solicitud de genotipificación del VIH para análisis de sensibilidad a antirretrovirales. Se procedió a la tabulación de las mutaciones encontradas en cuatro categorías principales: a- mutaciones asociadas a resistencia, b- mutaciones silenciosas, c- polimorfismos genéticos por fuera de los sitios asociados a resistencia, y de mutaciones en sitios de resistencia que hasta el momento no han sido asociadas a resistencia.Metodología. Se seleccionaron, en estricto orden de llegada, 16 muestras de sangre en EDTA de pacientes con solicitud de genotipificación del VIH para análisis de sensibilidad a antirretrovirales. Se extrajo el ARN viral de cada muestra por el métodoQIAamp® y se procedió a su amplificación por medio de la PCR con transcriptasa inversa (RT-PCR). Una vez amplificado el ácido nucleico viral, se procedió a su tipificación molecular en el secuenciador LongReadTower-Opengene®, utilizando el estuche Trugene HIV-1®. Las secuencias obtenidas se transcribieron a hoja electrónica Excel®, y se hizo un cálculo de frecuencias de mutaciones por conteo directo...

Objective: Resistance to antiretroviral drugs has been associated with characteristic mutations in the genes that encode enzymes which are the target of anti-retroviral therapy. In this paper we evaluate the different mutations revealed by molecular typing of viruses from differentpatients who were referred to be genotyped at the Instituto de Referencia Andino in Bogotá fortherapeutic purposes. Design: A total number of 1064 mutations in viruses from 16 HIV infected unrelated patientswere initially genotyped for the analysis of sensitivity to antiretrovirals. Afterwards, weproceeded to the tabulation of the mutations found in four main categories: a- resistance mutations, b- silent mutations, c-genetic polymorphisms outside of sites associated with resistance, and d- mutations at sites not yet associatedwith resistance. Materials and methods: Sixteen EDTA blood samples drawn from patients with HIV genotyping application for analysis of sensitivity to antiretroviral drugs were selected in strict order of arrival. Viral RNA was extracted from each sample by the QIAamp® method, and we then proceeded to its amplification by reverse transcriptase PCR (RT-PCR). Once the viral nucleic acid was successfully amplified, we proceededto molecular typing in the sequencer LongRead-Tower-Opengene®, using the Trugene® HIV-1 kit. The sequences obtained were transcribed toan Excel® spreadsheet, to calculate the frequencies of mutations by direct counting...

Bajo polimorfismo en el sistema de antígenos de leucocitos humanos en población mestiza colombiana / Low HLA polymorphism in Colombian mestizos

Objetivo. Este trabajo tiene como objetivo describir la frecuencia de alelos y de haplotipos de antígenos HLA de clases I y II en población mestiza colombiana. Metodología. Se estudiaron 197 individuos colombianos no emparentados y 157 individuos emparentados que conformaban 53 familias, provenientes de diferentes regiones del país, remitidos para estudios de HLA de clases I y II por el método PCR-SSP a los laboratorios de inmunología del Hospital Militar Central de Bogotá y al Instituto de Referencia Andino. Resultados. El haplotipo HLA-A*24 B*35 DR*04 fue el más frecuente en la población estudiada, lo cual concuerda con otros estudios de mestizos colombianos. Conclusiones. El desequilibrio de Hardy-Weinberg hallado en la población analizada en el presente estudio, debe alertar sobre una eventual reducción en el repertorio de respuesta inmunitaria en los colombianos, lo cual podría ser el origen de una consecuente fragilidad de la población frente a nuevas infecciones que podrían convertirse en epidemias.

Objective: This paper aims to describe the allele frequency and haplotype of HLA class I and II molecules in a Colombian mestizo population. Methodology: HLA class I and II molecules on 197 unrelated Colombian individuals and 157 unrelated individuals making up 53 families from different regions of the country were studied at the Immunology Laboratory at the Military Hospital Central of Bogotá and at the Instituto de Referencia Andino by the PCR-SSP method. Results: The haplotype HLA-A * 24 B*35 DR*04 was the most common, which is consistent with other studies carried out in Colombian mestizos. Conclusions: The Hardy-Weinberg disequilibrium found in the population analyzed in this study should alert on a possible reduction of the immune response repertoire in Colombia, which could be the origin of a consequent fragility of the population in face of new infections that could eventually become epidemic.